Скажите пожалуйста, можно заключать трудовой договор с самозанятым? Или он перед трудоустройством должен сняться с учета в налоговом органе?

Да, можно.

Применяя НПД, самозанятый может работать и по трудовому договору (Письмо Минфина России от 21.06.2022 N 03-11-11/58750). Зарплата и другие доходы, полученные по нему, облагаются НДФЛ в общем порядке (ст. 209 НК РФ).

Плательщик НПД может работать по трудовому договору только в организациях, не являющихся его заказчиком.

МАТЕРИАЛЫ:

Универсальная ссылка: {Типовая ситуация: Налог на самозанятых: основные правила (Издательство «Главная книга», 2024) {КонсультантПлюс}}

Универсальная ссылка: {Вопрос: Может ли физическое лицо работать по трудовому договору в одной организации и оказывать услуги в качестве самозанятого другой организации? (Подборки и консультации Горячей линии, 2023) {КонсультантПлюс}}

Универсальная ссылка: Готовое решение: Особенности применения специального налогового режима «Налог на профессиональный доход» (КонсультантПлюс, 2024) {КонсультантПлюс}